Améliorer le diagnostic de la pneumonie et la prédiction des réponses aux traitements grâce à l’étude du microbiome respiratoire.

Lancement du projet PHENOMENON – mieux comprendre le rôle du microbiome respiratoire dans l’antibiorésistance

Le CHU de Nantes, Nantes Université , MSDAVENIR, l' AP-HP, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris et l' Inserm se sont réunis le 1er décembre 2023 pour le lancement du projet de recherche PHENOMENON. Ce dernier a pour objectif d’étudier le lien entre la composition du microbiome respiratoire et la réponse aux traitements antibiotiques afin de renforcer la lutte contre la pneumonie.

Bien que cette maladie soit identifiée comme la 1re maladie infectieuse mondiale, on constate un échec des traitements par antibiotiques chez 30% des patients atteints de pneumonie communautaire (infection acquise en dehors d’un établissement de santé). Cette résistance aux antibiotiques est similaire chez les patients atteints de pneumonie nosocomiale (acquise dans un établissement de santé).

Le Pr Antoine Roquilly (médecin spécialisé en anesthésie réanimation au CHU de Nantes et professeur des universités à Nantes Université) et le Pr Jean-François Timsit (spécialisé en médecine intensive et réanimation infectieuse et Professeur des universités à l’ Université Paris-Saclay ) co-porteurs du projet PHENOMENON suivront des cohortes de patients sur des durées prolongées de plusieurs mois, afin d’étudier plus en détail le lien entre le résistome, la composition du microbiome respiratoire et la réponse aux traitements antibiotiques.

Microbiome & résistome

Tandis que le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, …) vivant dans un environnement précis (intestin, voies respiratoires, …), le microbiome fait référence à l’ensemble des génomes et des gènes présents au sein de ce microbiote.

Depuis plusieurs années, de nombreux travaux de recherche ont émergé afin de mieux comprendre le rôle du microbiote intestinal dans certaines maladies, en revanche l’étude du microbiote respiratoire est récente, plaçant ainsi le projet PHENOMENON comme un pionnier sur cette question de la résistance au traitement et de la réponse aux traitements par antibiotiques.

Le résistome se définit quant à lui comme l’ensemble des gènes de résistance à un ou plusieurs antibiotiques au sein d’un environnement donné.

 "Le potentiel du projet et son impact sont particulièrement forts face aux défis soulevés par le développement de l’antibiorésistance et des fréquents échecs des traitement actuels" Antoine Roquilly

Mieux dépister grâce à l’étude du microbiome respiratoire

L’analyse du microbiome respiratoire pourrait avoir un intérêt pour affiner le diagnostic de pneumonie nosocomiale ou d’insuffisance respiratoire aiguë. Les travaux de recherche des Prs Emmanuel Montassier (médecin urgentiste au CHU de Nantes, et professeur des universités à Nantes Université) et Antoine Roquilly publiés dans la revue scientifique Nature Medicine* en novembre dernier indiquent que la composition du microbiote des voies respiratoires diffère selon les patients.  En effet, après avoir analysé 2 177 échantillons respiratoires de 1 029 patients et de 327 personnes non malades, ils ont remarqué que chez les patients en état critique, plusieurs familles de bactéries étaient moins présentes (Fusobacterium, Veillonella, Prevotella) et que la bactérie Haemophilus était davantage représentée que chez les personnes non malades. La bactérie Pseudomonas était également présente chez certains de ces patients en état critique. Aussi, la présence de certaines bactéries (Straphylococcus, Ralstonia, Enterococcus) chez les patients atteints d’insuffisance respiratoire aiguë favoriserait le diagnostic. En revanche chez les patients souffrant d’une pneumonie nosocomiale, on relève une faible présence de bactéries normalement présentes telles que : Streptococcus, Atopobium, Oribacterium et de Veillonella. Ces résultats offrent des perspectives dans l’amélioration du diagnostic de pneumonie nosocomiale et d’insuffisance respiratoire aiguë, ainsi que dans le traitement de ces pathologies. Ils suggèrent notamment que la restauration des bactéries commensales, plutôt que la seule élimination des agents pathogènes, doit être un objectif thérapeutique important pour améliorer la prise en charge des patients.

* Montassier E, Kitsios GD, Radder JE, Le Bastard Q, Kelly BJ, Panzer A, Lynch SV, Calfee CS, Dickson RP, Roquilly A. Robust airway microbiome signatures in acute respiratory failure and hospital-acquired pneumonia. Nat Med. 2023 Nov 13. doi: 10.1038/s41591-023-02617-9. Epub ahead of print. PMID: 37957375.