A mudança na cúpula do jornalismo não refletiu de imediato no Jornal Nacional. Edson Ribeiro, que editava o JN desde 1972, passou a ser o novo editor-chefe no lugar de Fabbio Perez (que detinha o posto desde 1984). Ainda em 1991, Edson Ribeiro deixou o Jornal Nacional, sendo substituído por Carlos Absalão.

Na primeira metade da década de 1990, a orientação era apostar em matérias investigativas, chegar mais perto das comunidades, de seus direitos e costumes. Manter o factual mas aumentar as reportagens exclusivas. Carlos Absalão acreditava que, na tentativa de consolidar esse conceito, alguns erros foram cometidos, como o excesso de matérias sobre violência no noticiário. Isso aconteceu principalmente em 1991, quando o Jornal Nacional teve que enfrentar a concorrência da novela infantil Carrossel, exibida no mesmo horário pelo SBT. A condição de líder do Jornal Nacional nunca foi ameaçada, mas o telejornal perdera alguns pontos de audiência.

A partir de 1995, com a entrada de Evandro Carlos de Andrade no comando da Central Globo de Jornalismo, a área foi reestruturada, o que impactou em mudanças no Jornal Nacional, que passou a ser fechado primeiro por Amauri Soares e, depois, por Mário Marona. As mudanças incluíram a escolha de jornalistas como apresentadores (Bonner e Lillian Witte Fibe), o investimento em séries de reportagem, reformulação no cenário, criação de novos quadros e na inclusão de comentaristas de
assuntos diversos no espelho do telejornal.

Em 1999, Evandro convidou Bonner a assumir também o cargo de editor-chefe, com a transferência de Mário Marona para o comando do Jornalismo de Brasília. Dessa forma, Bonner se tornou âncora, ou seja: a pessoa responsável pela apresentação e também pelo controle da equipe. “Eu hierarquizo os assuntos, decido o que entra antes, o que entra depois, quais temas devem estar próximos um do outro; o que vai ser uma nota, o que vai ser um VT mais longo. Tenho que construir um espelho. Em resumo: eu, como apresentador, acho que sou fruto do meu esforço; e eu como editor, eu acho que eu sou o resultado da minha persistência. Da minha persistência em não cometer erros que eu enxerguei em outros”, comenta ele.

Em 2014, William Bonner recebeu de Ali Kamel a missão de coordenar um projeto que visava repensar a linguagem e o formato do telejornalismo da Globo, inclusive do Jornal Nacional. O projeto recebeu colaboração de profissionais de todo o Brasil e também dos escritórios do exterior. Após meses de estudos, chegou-se à conclusão que mudanças eram necessárias – tanto estéticas, quanto de linguagem. A principal delas era a decisão de tornar a linguagem dos telejornais mais coloquial, para aproximar apresentadores e repórteres dos telespectadores. A linguagem falada, trouxe também a ideia de dar mobilidade aos apresentadores, que poderiam andar pelo estúdio. Para isso, foi necessária a adoção de steadicams – câmeras de mão, mais leves; e a elaboração de um cenário que comportasse tudo isso.  No aniversário de 50 anos da Globo, em 2015, o novo espaço foi inaugurado.

Em duas décadas no cargo, Bonner vê também uma mudança na função do JN na sociedade brasileira, catalisada pelas transformações nas tecnologias de comunicação e informação. “Durante
ao menos quatro décadas, o JN carregou a responsabilidade de ser, para milhões de brasileiros, a fonte
primeira de informações sobre aquilo que de mais importante se deu naquele dia. Mas, com a universalização da internet, das redes sociais e dos smartphones verificada nos últimos dez anos, quando o JN entra no ar, a maioria dos cidadãos já deverá ter sido confrontada com as notícias de maior apelo – muitas vezes, ao longo do dia, na telinha de seu celular, no computador, na própria tela da Globo, na GloboNews, no rádio. O que não elimina a responsabilidade do JN, obviamente, mas a transforma. Em vez de fonte em primeira mão, ele segue no papel de organizar os tantos e tantos fragmentos de notícias em uma história com começo, meio e fim, apresentada dentro do contexto em que se deu. Faz os fragmentos terem sentido, ao fim de um dia.”

Mudanças no comando do jornalismo

Em 25 de junho de 2001, aos 69 anos, morreu Evandro Carlos de Andrade. Três dias depois, Carlos Henrique Schroder assume a direção da Central Globo de Jornalismo. William Bonner permanece editor-chefe do JN, sob a supervisão de Ali Kamel, nomeado diretor executivo da CGJ. A partir de julho de 2009, a TV Globo implantou a Direção-Geral de Jornalismo e Esporte (DGJE). Com a mudança, Ali
Kamel assumiu a gestão da Central Globo de Jornalismo, reportando-se a Carlos Henrique Schroder, que assumiu a DGJE.

Em setembro de 2012, de acordo com novas mudanças na direção-geral da Globo, e a sucessão de Octávio Florisbal por Carlos Henrique Schroder, Ali Kamel assumiu a Direção-Geral de Jornalismo e Esporte. Silvia Faria, então, substituiu Ali Kamel na direção da Central Globo de Jornalismo. Silvia Faria deixou a Globo em 31 de dezembro de 2020, sendo substituída na função por Ricardo Villela, então diretor-executivo de jornalismo.