Trotz ihrer vergleichsweise kurzen Schaffensphase in den späten 90ern haben Neutral Milk Hotel einen großen Einfluss auf heutige Indie-Bands. Sänger und Songwriter Jeff Mangum beschrieb ihren Stil als Fuzz-Folk. Da wundert es nicht, dass die Band besonders Einflüsse von Folk-Rockern, aber auch aus Psychedelic Rock und Pop sowie experimentellen und Avantgarde-Indie-Quellen verarbeitet hat.