박 대령은 2023년 7월 19일 발생한 채 상병 순직 사건에 대한 조사기록의 민간 경찰 이첩을 보류하라는 김계환 당시 해병대사령관의 명령에 따르지 않고 항명했다는 혐의로 같은 해 10월 6일 국방부 검찰단에 의해 기소됐다. 언론 인터뷰 등에서 당시 이종섭 국방부 장관이 부당한 지시를 한 것처럼 말했다는 상관명예훼손 혐의도 적용됐다.
군사법원은 무죄를 선고한 근거로 첫째 명령이 구체적으로 명확하게 내려지지 않았고, 둘째 명령이 정당하지 않았다는 점을 들었다. 법원은 "해병대 사령관은 피고인에게 이첩을 보류하라는 명령을 개별적·구체적으로 명확하게 했다기보다는 피고인을 포함한 사령부 부하들과 함께 기록 이첩 시기 및 방법에 대한 회의와 토의를 주로 했던 것으로 보인다"며 명확한 이첩 보류 명령이 없었다고 판단했다.
법원은 또 박 대령이 복종하지 않은 것은 사실로 인정하면서도 당시 이첩 중단 명령은 정당하지 않았다고 판시했다. 군사법원에 재판권이 없는 채 상병 순직 사건은 관련법에 따라 지체 없이 민간 수사기관에 조사기록을 이첩해야 할 의무가 있기 때문에 사령관이 특별한 이유 없이 수사단에 이첩 중단을 명령할 권한이 없다는 게 재판부의 판단이다. 결국 조사기록의 경찰 이첩을 보류하라는 명령은 없었고, 이후 이첩 실행 때 중단하라는 명령은 있었지만 이는 정당하지 않은 명령이어서 박 대령의 항명죄는 성립하지 않는다고 판결한 것이다. 이 전 장관에 대한 명예훼손 혐의에 대해서도 "제출 증거만으로는 공소사실처럼 피고인 발언이 거짓임이 증명됐다고 보기 어렵다"며 역시 무죄라고 판단했다.
재판부는 박 대령 측이 주장해온 'VIP 격노설' 등 외압 의혹에 대해선 판단하지 않았다. 그러나 김 전 사령관의 이첩 중단 명령이 이 전 장관의 지시에 따라 해병대 수사단의 조사 내용을 수정할 목적이었기 때문에 정당하지 않다고 판단한 것은 외압 의혹과 관련해 주목된다.
재판부는 "이첩 중단 명령은 특별한 이유가 없고 단지 국방장관의 지시를 따르기 위한 목적에서 비롯된 것임을 알 수 있다"면서 "해병대사령관이 기록 이첩 중단 명령을 하게 된 동기와 목적, 국방장관 지시의 의도, 그 방법 등에 비춰볼 때 (이첩 중단명령은) 정당한 명령으로 보기는 어렵다"고 지적했다.
이 사건과 공판 과정은 군 지휘체계 및 기강과 관련해 관심이 집중됐다. 박 대령이 명령을 거부한 외양이 분명한 가운데 박 대령 측 변호인단은 "불법적 외압이 실재했고, 김계환 해병대사령관은 이첩보류 명령을 내리지 못했으며, 명령이 있었더라도 그 명령은 외압에 의한 것이라 정당한 명령이라 볼 수 없다"고 주장해왔다. 반면 군 검찰은 상명하복이 생명인 군에서 조건부 명령 수용은 군의 조직에 치명적일 수 있다는 점을 주장했다.
한편 이번 판결은 12·3 비상계엄 사태 당시 계엄군 지휘관들의 재판과 관련해 주목된다. 계엄 발령 당시 일부 계엄군 장교들은 명령을 수행하지 않았다. 주요 군 사령관들은 대통령의 명령을 수행했다. 12·3 비상계엄이 부당한 명령이었다면 지휘관들은 거부 의무가 부여돼 중벌을 면치 못할 가능성이 있다. 반면 비상계엄 명령이 정당한 대통령의 통치행위로 인정된다면 군 지휘관들은 면책 받을 수도 있다.