Vesiensuojelurakennetta suunnitellaan valuma-aluelähtöisellä toimintatavalla. Karttojen avulla pystyy tutkimaan, onko alueella luontaisia kosteita paikkoja sekä eroosioalttiita maanmuodostumia. Maastotöiden avulla voidaan todentaa etukäteen tehdyt havainnot ja tarkentaa loput tiedot. Vesiensuojelurakenne voidaan toteuttaa, mikäli vettä tulee luonnostaan riittävästi valuma-alueelta. Rakenteita on tarjolla erilaisia ja jokainen niistä suhteutetaan oman käyttötarkoituksensa mukaisesti. Maa- ja metsätalouden vedet kulkevat samoja ojareittejä pitkin ennen vesistöön päätymistä. Vesiensuojeluun saatava tuki on suunnattu usein joko maataloudelle tai metsätaloudelle. Kuitenkin monella maatilalla on sekä metsää että peltomaata. Esimerkiksi Etelä-Savossa käynnistynyt Vesiviisas maaseutu -hanke välittää tietoa, miten voidaan ottaa molemmat huomioon vesiensuojelussa sekä miten tukia voidaan ottaa tehokkaammin hyödynnettäväksi. Hankkeessa yhteistyössä ProAgria Etelä-Savo, Etelä-Savon maa- ja kotitalousnaiset, @ Metsäkeskus @ Kaakkois-Suomen ammattikorkeakoulu XAMK
