AURAGEN, plateforme de séquençage du génome à très haut débit

Ce programme concerne principalement les patients atteints de cancer pour lesquels de nouvelles stratégies thérapeutiques et notamment les thérapies ciblées peuvent être proposées en fonction des variations identifiées.

AURAGEN est le projet de plateforme de séquençage à très haut débit à visée sanitaire construite par la région Auvergne Rhône-Alpes dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025. Il permettra d’entrer dans l’ère de la médecine génomique par une prise en charge diagnostique et thérapeutique plus personnalisée grâce au séquençage en routine de génomes individuels.

Concrètement, la nature et l’ordre d’enchaînement des gènes qui composent l’ADN de chaque personne sont analysées entièrement pour déterminer les risques de développer certaines maladies, pour adapter les traitements en fonction du patient et pour anticiper ses réactions face aux médicaments administrés. 

Le séquençage à très haut débit permet d’observer les variations génétiques pouvant être à l’origine des cancers ou d’autres maladies rares. Les analyses seront prescrites par les médecins des établissements de santé du consortium, traitées sur le site de l’Hôpital Edouard Herriot avec un test d’Eurofins-Biomnis. Les résultats pourront être donnés en une quinzaine de jours. Les données issues de ces analyses seront par ailleurs traitées, conservées et analysées grâce à la puissance des calculateurs et aux plateformes de bio-informatique à Lyon et Grenoble. Outre l’aide au diagnostic et au traitement, elles permettront de faire progresser nos connaissances en identifiant de nouvelles variations pouvant déboucher sur de nouveaux protocoles de soins et tests diagnostiques.

L’objectif cible est ainsi de traiter 18 000 génomes par an en 2019.

14 partenaires impliqués pour la médecine de précision

AURAGEN est porté par un Consortium, composé d’un Groupement de coopération sanitaire (GCS AURAGEN) qui rassemble les 4 Centres Hospitalo-Universitaires de la grande région (CHU de Clermont-Ferrand, CHU Grenoble Alpes, Hospices Civils de Lyon et CHU de Saint-Etienne), les 2 Centres de lutte contre le cancer, le Centre Jean Perrin (Clermont-Ferrand) et le Centre Léon Bérard (Lyon), et l’Institut de Cancérologie de la Loire Lucien-Neuwirth. Outre le GCS et ses institutions, le consortium rassemble les Universités : Claude Bernard Lyon 1, l’Université de Grenoble-Alpes, l’Université Jean Monnet de Saint-Etienne, l’Université de Clermont Auvergne ainsi que l’Ecole des Mines de Saint Etienne et la Fondation Synergie Lyon Cancer. Un partenaire industriel, la société Eurofins-Biomnis, leader européen de la biologie médicale spécialisée, complète le consortium.

Les pilotes du programme

Le responsable scientifique du projet d’AURAGEN est le professeur Jean-Yves Blay, de l’université Claude Bernard Lyon 1, directeur général du Centre Léon Bérard et directeur du Site intégré de recherche sur le cancer (SIRIC) de Lyon, le LYric. La plateforme de séquençage sera pilotée par le Pr Damien Sanlaville, généticien et chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon.

Les appareils et le personnel de la plateforme de séquençage très haut débit seront localisés sur le site de l’hôpital Edouard Herriot (HCL) dans des locaux de 500 m2 mis à disposition par les HCL. La direction opérationnelle sera conjointe entre les HCL et le groupe Eurofins-Biomnis.

Les données de séquence produites seront transmises à un Centre de calcul haute performance (HPC) AURAGEN, coordonné par le CHU Grenoble Alpes. Les outils bio-informatiques et référentiels seront coordonnés, dans le cadre d’une Cellule référente, par le Centre Léon Bérard pour les cancers et le CHU de Grenoble pour les maladies constitutionnelles.

Le GCS de moyens sera administré par Stéphanie Fazi-Leblanc, directrice générale adjointe du CHU Grenoble Alpes.

Tous les partenaires hospitaliers, industriels, scientifiques et universitaires de ce Consortium sont étroitement impliqués dans les processus mis en place au bénéfice de la population d’Auvergne Rhône-Alpes.

Le programme AURAGEN est un programme ambitieux, fédérateur, rassemblant toutes les forces universitaires et médicales de la région Auvergne Rhône-Alpes dédiées à la prise en charge des cancers et des pathologies rares, ainsi que l’expertise d’un industriel européen majeur dans le domaine de la biologie médicale.

La plateforme proposera une offre de séquençage à très haut débit aux acteurs impliqués en cancérologie et dans la prise en charge des pathologies rares au niveau national, selon un processus industriel permettant de faire face au très grand nombre de patients et de volume de données requis.

Elle s’appuiera sur l’expérience des membres d’AURAGEN dans des projets majeurs de recherche clinique pour le transfert au diagnostic de la médecine génomique et sur des experts de niveau international garantissant une utilisation optimale des données pour les patients et une formation de qualité des acteurs de la filière.